Ngày 2 tháng 2 năm 1998, Cebu Pacific 387, một chiếc DC-9-32 đi từ Manila đến Cagayan de Oro, dã đâm vào ngọn núi Sumagaya ở Misamis Oriental, đã làm chết 104 người.
Ngày 3 tháng 5 năm 2006 vào lúc 9:15 sáng, chuyến bay Cebu Pacific 393, a Douglas DC-9 từ Davao, hạ cách xuống đường bay 27 tại sân bay quốc tế. Sau khi tiếp đất phần động cơ chính bên trái bị cháy nhưng không ai trong số 100 hành khách bị thương
